審計部民國100年度中央政府總決算審核報告對於政府的財政提出警告。報告指出，政府債務餘額持續攀升，截至100年度，中央政府1年以上的未償債務實際數額已經達到4兆6,365億多元，比上年度增加1,630億元。而101到110年度到期的債務有3兆3,566億元，其中，公債在105年度達到還款高峰，未來5年內到期債務有2.2兆，政府面臨龐大的償債壓力。再加上油電雙漲，消費者在通膨的預期心理下，恐怕帶動利率調升，增加舉債的利息負擔，報告呼籲政府妥適規劃短、中、長期債務舉借，節省債息負擔。
報告同時指出，公債法修法進度延宕，升格縣市仍只能適用原縣市的債限比率，加上財劃法的修法也停滯不前，地方常年須仰賴中央政府的補助款及舉債因應，財政難以自主，因此呼籲公債法與財劃法應迅速完成修法。
另外，對於都更爭議，審計部報告建議應仿效先進國家，成立具有公信力的專責輔導機構。