台南市將展開災後重建工作，行政院發言人張善政今（14）日表示，央與地方將會積極進行災後重建，至於是否比照當年九二一地震後，訂定特別條例，將在18日前確定。另外，行政院未來將設置「0206震災協調小組」，由行政院副院長杜紫軍擔任召集人，作為地方互動的窗口，每次會議將視議題需要邀請地方政府秘書長以上人員共同研商，希望以最有效率的方式，協助地方復建與重建。
行政院長張善政今（14）天前往中央災害應變中心與相關部會討論震災優先處置事項，會後行政院發言人孫立群、衛福部、財政部、經濟部及內政部等相關部會召開記者會對外說明。
孫立群表示，張善政會中指示行政院政務委員蕭家淇另行召開會議研商，就九二一地震、莫拉克風災時訂定的特別條例做研究，並比照兩項災害從優、從寬給予相關補助措施，並於18日（周四）以前公布結果。另外，賑災基金會也將於明（15）日召開臨時董事會研商慰助金相關措施。
衛福部部長蔣丙煌表示，此次震災總計死亡116人、551人輕重傷，目前仍有51人住院中；至於收容安置部分，累計313人次，目前仍有13處所109人接受收容當中；慰助金部分，中央政府、地方政府、賑災基金會及民間捐款部分合計死亡每人給予新臺幣300萬元、重傷每人75萬元、輕傷每人20萬元。
財政部部長張盛和表示，已協請南區國稅局延緩寄出各項稅單，且各稅務項目繳納期限延長1個月，並派專人輔導災損措施，申請期限也延長為3個月，且只要有鄰里長證明即可；此外，也協調臺灣銀行及土地銀行提供災民臨時提款措施，無身分證、印章、存摺等證明者，只需鄰里長協助辨識身分，可在帳戶內提款2次，每次10萬元；對受災戶也提供低利融資貸款，已協調土地銀行提供重建貸款200萬元、整修貸款50萬元、住宅修繕貸款200萬元、企業紓困貸款3,000萬元等低利融資措施，至於災害損失的認定，將秉持從速、從優、從寬原則辦理。
經濟部次長沈榮津表示，維生設施經全力搶修，已大致復原，其中電力部分已完全恢復，瓦斯仍有48戶需待維冠倒塌現場清除後才能修復，自來水部分已趕工鋪設明管，預計今日24時以前將可完全復水，且後續部分，將於4月30日汛期來臨前完成搶修；至於產業受損部分，台積電機臺已恢復震前水準，群創公司則因五代、六代廠受損較為嚴重，產能將於一周內恢復；其他一般工業區 機器、模具等移位受損復建部分，經濟部將於明日由工業局與中小企業處組成輔導團南下，與臺南市政府等縣市協商融資貸款、貸款展延等協助措施，來協助南部受災廠商。
內政部次長陳純敬表示，此次震災以臺南、高雄最為嚴重，合計通報485棟建築需要鑑定，已張貼紅色危險標誌者有64棟、黃色危險標誌者有61棟；內政部將提供租屋協助措施，每戶3人以下者每月提供6,000元、4人8,000元、5人10,000元租金補助，補助期間暫定2年以上；另外政府針對建物重建、重購、修繕部分，提供低利貸款，最高貸款金額為350萬元、年限最長為20年、利率為0.702％；現地重建部分，由都更基金會提供都更規劃設計費補助最高新臺幣500萬元，並有容積優惠優待，以補助建築費用；後續精進措施，將推動老舊建物健檢，由原來500戶擴充為2,000戶，初評每戶需8,000元，由政府全額補助，詳評每件30萬元，由政府補助45％，如有需要施工加強耐震係數者，最高補助450萬元；內政部將邀集臺大地震中心等學術單位開會研商修正建築管理法令，提高耐震工程設計規範與調整國家標準，並將於明日邀集相關建築技師公會研商如何於設計與施工過程，提高建築設計施工品質，落實建造階段監造權責。
至於重建組織部分，孫立群表示，未來將設置「0206震災協調小組」，由行政院副院長杜紫軍擔任召集人，作為地方互動的窗口，每次會議將視議題需要邀請地方政府秘書長以上人員共同研商，希望以最有效率的方式，協助地方復建與重建。