100年度綜所稅申報，符合第2批退稅的納稅義務人，退稅金額將於10月底前匯入指定帳戶，或是寄出退稅憑單，讓納稅義務人兌領。統計全國第2批退稅件數有45萬件，退稅金額達84億元，其中以北區國稅局的退稅件數最多，退稅金額也最高。
台北市國稅局的退稅件數有8萬4,211件，退稅金額23億1,319萬元；北區國稅局的退稅件數有18萬件，退稅金額高達30億9,518萬元；中區國稅局的退稅件數有9萬3,768件，退稅金額是15億3,725萬元；南區國稅局的退稅件數是4萬9,976件，退稅金額是6億7,791萬元；而高雄市國稅局的退稅件數也有4萬6,541件，退稅金額為7億7,657萬元。
北區國稅局表示，適用第2批退稅的對象是101年5月11日以後，採人工申報、二維條碼申報，或試算稅額書面確認申報的100年度綜所稅申報退稅案件。
退稅方式則有2種，若納稅義務人申報綜所稅時，有填寫金融機構或是郵局存簿儲金或劃撥儲金帳戶，退稅款將直接匯入指定帳戶，10月31日前即會入帳；如果申報時，未提供帳戶資料，國稅局將郵寄退稅憑單，納稅義務人可到金融機構兌領，期限自10月31日起至12月30日止。
在第2批退稅件數的45萬件中，提供指定帳戶採直撥退稅的件數，有39萬7手多件，金額為72億4,594萬，件數及金額都占了絕大多數的比例；至於未提供指定帳戶而以憑單退稅的件數，只有5萬7千多件，退稅金額僅11億5,417萬元。
國稅局提醒，如果納稅義務人手上還有第一批退稅憑單逾期尚未兌領者，可以持憑單向所轄國稅局分局、稽徵所及服務處，辦理展延憑單兌領有效日期。而退稅最安全、最方便的方式，還是指定金融機構或郵局帳戶，直撥退稅。