自從桃竹苗地區的二期稻作停灌之後，已領取補償金的農民不能再繳交公糧，外界就擔心，停灌造成稻米產量減少、品質變差，有些甚至只能淪為低價的飼料米求售，可能會因此打亂稻穀收購行情，農委會強調，台灣目前的糧倉相當充足，即使明年上半年的水情依舊不樂觀，仍不會影響到國內糧價及糧食安全。
碾米廠的機器已經開始趕工碾米，員工也忙著將剛碾好的新米包裝，由於面臨停灌，雖然農民有四處找水源，但稻穀的生長多少還是受到影響，不只品質出現落差，穀價更是直直落，甚至只能淪為飼料米。
桃園觀音農民 陳雅芬：「價格的部分，沒有水到現在割稻，有的價格好才7塊多(台斤)，到現在，有的晒到的才3塊半，對我們農民來講，有的穀你本來好好的東西，變得你做成飼料(米)，這真的，對我們農民來講，真的很辛苦。」
新竹竹北農民 范先生：「看你的稻穀，很不稔實200元(百台斤)，不太稔實粒300，有比較好一點500。」
苗栗頭份農民 林信龍：「目前來說，南部沒停灌區的，他的1台斤9塊半，我們這邊呢？8塊半，差1塊錢，啊！不只喔！講快一點還不知道喔！現在還不知道喔！」
由於申報停灌補償金之後，就不能再繳交公糧，農民就抱怨，好不容易搶收下來的稻穀，最後只能任由糧商開價，但糧商也大吐苦水地表示，稻穀品質不佳，造成收購價格混亂，他們其實也很無奈。
桃園糧商 蘇柏嘉：「稻穀如果標準我們一樣會收購，如果品質太差的，我們可能也沒辦法處理，這可能說農民自己評估一下，若真的收起來賣也沒錢，就盡量放在田裡面，等下一次再耕鋤這樣。」
新竹糧商 陳先生：「較不好(稻穀)產品晒乾的，我們收購稻穀的人，這種的收購我們也不知道怎麼辦，(怎麼講)也不知怎麼處理，因為不能夠碾成米，除非做酒我們沒有做酒，我們收購了也根本沒用。」
山水米有機稻場主任 劉佳育：「因為像如果可能沒有熟的，我們也會建議農友先不要割，還是等熟了還是會比較好，對 畢竟品質還是最重要的。」
農糧署北區分署副分署長 林淑華：「北區分署已經跟我們主要的公民營業者去做一個協商，那大家都有一個共識，針對於稻穀的價格，民營稻穀的價格，來做一個分級、分類，那對於品質好的部分，他一定要維持一個良好的市價。」
農糧署北區分署指出，今年二期稻作的公糧收購，依舊維持每公斤21.6至26元不等，不過糧商的平均收購價格，已從過去的每百台斤平均1100元，下滑至840元，糧商也指出，目前稻穀品質良莠不齊，實際收購價格依品質，可以從200元到上千元不等。農委會主委陳吉仲也呼籲糧商，應該適度的提高收購價格。
桃園糧商 蘇柏嘉：「已經領了停灌的補償金以後，然後公糧也不能繳交了嘛，那勢必說我們市場上流通的稻穀，一定會增加，那是對以後的市場，還是消費行情會有所影響，這是目前我們糧商比較擔心的。」
農委會主委 陳吉仲：「不要把糧價壓得太低，而是要適度地回到二期該有的水準，那這幾天那糧價已經回穩，某些地區的糧價，每百台斤已經開了1千塊，那我們持續地站在農民的角度，那希望這樣的一個糧價，可以適度的提升，對消費者而言，不會造成太大的負擔。」
陳吉仲指出，停灌的桃竹苗灌區，僅占全國灌區面積的5%，目前國內公糧庫存量有80萬公噸，足夠國人吃7到8個月，即使嘉南地區已宣布，明年一期稻作停灌，只要能銜接明年二期稻作耕作，國內糧食供應就不會有任何問題。