馬總統今天同意翁啟惠在3月29日所提辭呈，馬總統表示，為維護中研院聲譽，並在審酌各界期待後，同意准辭，並依通例指派其中一位副院長代理院長職務。
民主進步黨立法院黨團幹事長吳秉叡下午受訪說，翁啟惠請辭案，馬總統准辭是應該的，身處浩鼎爭議風波中，翁啟惠無法好好做事，辭職後，翁啟惠可以好好面對後續官司，這是好事。
至於中研院長接任人選？吳秉叡說，涉及總統人事權，不便表達意見。
時代力量立法院黨團總召徐永明表示，希望馬總統能終止目前中研院的紛擾，讓它能告一段落。但因為馬總統任期只剩10天，不宜再介入中研院新院長人事問題，譬如說主動約見3位院長候選人，這也跟過去慣例不合。
徐永明認為，馬總統還是應尊重中研院程序，並尊重總統當選人蔡英文，讓中研院新任院長交由新任總統來做決定。
中國國民黨團首席副書記長江啟臣受訪表示，尊重馬總統職權，之前社會各界都希望翁啟惠能夠請辭，既然馬總統現在已經同意翁啟惠的辭呈，黨團就是尊重馬總統的決定。
親民黨立法院黨團總召李鴻鈞說，翁啟惠的事情鬧得沸沸揚揚，提出辭呈，而馬總統也准翁啟惠辭呈，但還是要尊重司法，讓司法來處理，其他就回歸專業領域；學術界在生技產業，應站在國家發展方向，而不是淪為財團的炒作。