民航局說，現有兩岸航路當年協商劃設時，都有共識避開雙方的軍方演習區，並盡可能縮短時間，若一定要調整，只有很小的調整空間，但能再節省的時間很有限，若微調估計省約3至5分鐘。
民航局所謂的微調，是指航路進入大陸空域時，更換連接點，將航路角度略做調整，但這部分仍要大陸同意。
兩岸現有3條航路，2008年12月先開通第1條北方航路，隨著兩岸直航班機增加，航路過於擁擠，2009年7月，雙方同意增闢第2條北航路及另1條南航路。
目前兩岸已達成協議的直航班次，每週共890班，其中50班剛完成分配還未飛行，原有每週共840班中，實際飛行不到700班，主要是部分大陸2、3線城市因季節性因素，有些時段無航班。