府方人士指出，雖然1年多來，外界對於「馬習會（總統馬英九與中國大陸領導人習近平會面）」的可能方案有許多建議，但事實上，馬總統去年初就已拍板定案，亞太經濟合作會議（APEC）是舉行馬習會唯一方案，因此不可能於去年8月時，還要張顯耀去北京談金門會。
府方人士說，馬總統一向謹守分際，尤其在處理兩岸事務上，一定直接交付國安會秘書長、行政院長或陸委會主委辦理，絕不可能私下交給其他特定人士辦理。
府方人士重申，後來張顯耀的去職是因為涉入洩密，與馬習會之間沒有任何關係。
府方表示，政府在與大陸溝通過程中，「並沒有美國或其他外力的介入」，對媒體不實報導，感到非常遺憾。