馬政府與中國已簽署十九項兩岸協議，互動層次由經轉政，但決策過程黑箱作業而屢遭質疑，立法院長王金平昨演講時認為應建立完整的國會監督機制；東吳大學政治系主任黃秀端受訪時表示，兩岸協議涉及人民權益，本該接受國會監督，她並提到立院擬通過主決議對王郁琦訪中設下紅線，代表朝野均有共識，認為兩岸事務應透明化，不能再任憑行政單位偷偷摸摸、為所欲為。
不能再讓行政機關為所欲為
黃秀端昨受訪表示，政府和其他國家或地區簽訂條約，本來就應接受國會監督，但兩岸在過去幾年簽署十多項協議，大都只是備查，沒有讓國會真正審查；尤其是上一屆立委，由於國民黨佔絕對多數，很多協議根本沒審，「稀哩呼嚕」就過了，行政部門還宣稱「自動生效」，這是很可怕的事。
黃秀端強調，政府與任何國家、地區談判，都應該納入國會和民眾意見，甚至以此做為談判籌碼，而非像馬政府老是關起門來自己談，結果都幾乎照對方想法簽約；尤其是服貿協議，牽涉行業如此廣泛，與民眾權益息息相關，一定要經過討論，行政部門怎麼可以偷偷摸摸，甚至不敢把資料拿給國會呢？
針對馬政府多次表示「協議簽署後就不能更改」，黃秀端更是高度質疑：「天底下哪有這種事？」她舉例，當年威爾遜總統簽署凡爾賽條約，就是因為無法獲得國會同意，美國才無法加入國際聯盟；前南韓總統李明博，因為民眾不滿美牛案，三度向人民道歉，最後強迫美國重新談判；但我們政府卻是恐嚇人民，用各種方式規避監督，這是民主國家非常不應該的現象。
談判代表利益迴避應有規範
黃秀端指出，國民黨立委佔國會多數，立法院能夠通過決議，對王郁琦訪中劃下紅線，代表朝野均有共識，都希望政府不要再以黑箱作業、高度不透明的方式對外簽訂協議；國民黨立委沒有強力否決，代表選民都對兩岸密室協商有很大的反彈，已經不想再忍受了。
黃秀端並質疑，過去很多參與兩岸談判的人，他們自己或家人、親屬都在中國做生意或有利益關係，由他們代表人民去談判，怎麼可能中立呢？這些人是代表國家利益還是自己家族利益？這部分長期欠缺規範，同樣應該關注。