建立國會對於兩岸事務監督權的聲音，早在陸委會尚未設立前的一九九○年就出現了，無論是在立法院特設委員會，或對兩岸簽署協議制定專法，甚至直接由國會監督後來成立的海基會，但均在「執政黨」反對下，至今一事無成。
國民黨原本想掌控海基會
一九九○年代兩岸剛開放交流不久，政府研議設立專責機關的必要性，國民黨原本想設立由黨務組織控制的海基會，陸委會也在尚缺法源的情況下開始籌設，均遭民進黨強烈反彈。民進黨團堅持，須在有法律基礎、受國會監督及成員需具代表性等三項原則下，才能設置海、陸兩會。
雖立法院趕在一九九一年一月三讀通過「行政院大陸委員會組織條例」，但海基會仍不受國會監督。當時的陸委會主委黃昆輝曾允諾，將制定「海基會監督條例」，卻遭海基會董事長辜振甫、秘書長陳長文強烈反對，此事不了了之。
一九九三年辜汪會談，兩岸事務有新的變化，當時的民進黨新潮流系、國民黨立委趙少康，均提案立法院針對兩岸事務增設特種委員會。
民進黨立委沈富雄、民進黨團分別提出「台灣與中國締約法草案」、「兩岸協議處理條例草案」，要求兩岸間任何協議，均送立法院審議。但因一九九四年春爆發「千島湖事件」，兩岸關係極度惡化；國民黨立委魏鏞、葛雨琴均認為，這不是審查兩岸相關法規的時機，待行政院有對案後再說。
而在蕭萬長擔任行政院長的一九九七、一九九九年，曾兩度提出「兩岸協議處理條例草案」，但都在行政院函請立法院審議後無疾而終。
二○○○年政黨輪替後，國民黨、新黨、親民黨等在野聯盟聯手，擬成立「立法院兩岸事務因應對策小組」，民進黨團認為這是立法凌駕行政權，退席抗議。兩岸小組成立後，頻赴中國參訪，但也隨第四屆立委任期，於二○○二年初走入歷史。
王金平多次主張復設兩岸小組
立法院長王金平之後擬再啟動兩岸小組，藉以赴中破冰，但親民黨團未予支持而無法成立。
二○○八年二次政黨輪替後，王金平多次表達復設兩岸小組之意願，均遭馬英九總統所阻。民進黨團則提「台灣與中國締結協議處理條例草案」，也屢遭國民黨團擋在程序委員會門外，連付委審查的機會都沒有。
第八屆立委至今，已有民進黨團、台聯黨團、立委李俊俋、姚文智、段宜康、尤美女等，提出專法或兩岸人民關係條例修正草案，盼能由國會實質監督機制，也因國民黨團全面抵制，至今仍未能付委。