由於內政部長李鴻源昨天將大埔案和南鐵東移案比擬為很類似的案例，引發台南市長賴清德反彈，賴清德今(22)日親自北上出席行政院會，澄清兩者的不同之處在於前者採區段徵收，後者則是一般徵收，而且，南鐵東移是中央的政策。不過，缺席院會的李鴻源則在中央災害應變中心接受媒體聯訪表示，從未對個案進行評論，應該是誤會，他只是強調土地徵收是推動國家重大工程手段，不可輕易廢除。
李鴻源昨天指出，苗栗大埔案與台南鐵路東移基本上是2個很類似的土地徵收案，但因抗爭團體有不同屬性，而出現不同的社會觀感。若地方政府都能有效溝通、落實對拆遷戶的安撫與照顧，相信被接受的程度會相同。但這種說法引發賴清德反彈，不但昨天在台南召開記者會說明，今早還親自出席院會，向李鴻源討個說法，未料卻由內政部次長蕭家淇代打，只好請蕭代為轉達。
但李鴻源今天受訪則反駁，他從頭到尾沒有評論大埔或南鐵東移案，沒有要拖誰下水之意，但無論是一般徵收或區段徵收，都是政府進行重大公共工程的必要手段，不能輕言廢除。至於要修正土地徵收條例，他表示，可以討論是否有此必要，但如果修正之後，讓許多工程無法推動，並非國家之福。
李鴻源表示，內政部會將大埔當案例徵詢全國地政專家學者專業意見，並邀集相關部會和地方政府討論，通盤檢討。
對於聲援大埔民眾在臉書發起「萬人自首」活動，李鴻源說，警察有義務針對違反集會遊行法和破壞公署等行為進行蒐證，如果違法將移送檢調。