農委會動植物防疫檢疫局每週定期與衛生署疾病管制局開會，討論H6N1等疫情防疫，自6月21日公布台灣出現H6N1首例以來，究竟是否為人的首例？H6N1是否已演變成禽傳人？至今防檢局與疾管局看法兩極。
防檢局副局長趙磐華認為，至少要完成基因定序，確認H6N1病毒，與已經會禽傳人的H5、H7系列禽流感病毒一樣出現相關段落的基因變異，即須確認會在人體產生親和力與作用，才能說是禽傳人。
不過，他及農委會家畜衛生試驗所所長蔡向榮至今都不清楚，疾管局完成相關科學驗證作業了沒？
相對於大陸傳出H7N9禽傳人疫情後，台大獸醫專業學院名譽教授賴秀穗說，日本很快的在2週時間就比對出H7N9病毒基因變異成對人有親和力，證實會禽傳人。
反觀台灣公布H6N1以來，防檢局與疾管局看法不同，但是記者詢問至今，防檢局及家衛所仍語焉不詳，皆僅說，「衛生署應該會做吧！應該會公布基因定序吧！」
對於防檢局認定應該要做的基因定序，即確認變異成禽傳人的作業，防檢局僅認為，分工上是疾管局的任務，不是防檢局的事，同時未回應是否要主動確認病毒變異至禽傳人？
詢問2週以來，今天僅蔡向榮接手機回覆，該例工作的早餐店所購雞蛋來源處的2牧場，檢驗結果為陰性，顯示沒有H6N1病毒。
他及數日前電訪防檢局人員都表示，就算沒有檢出H6N1病毒，也不能排除該例可能是接觸雞蛋而感染，因為感染及檢驗時間不同，牧場的蛋雞也可能之前感染過，如今有抗體。