最高法院一位刑事庭長指出，林昭任不實核銷國科會經費、公款公用，如果遭依貪汙罪判刑定讞，恐將產生「骨牌效應」，全國各級法院、地檢署將援引判決，對目前遭調查的八百名教授全依貪汙罪論處。到時，全國將會多出八百多名教授「空缺」。
也因為此案將產生震撼性的結果，最高法院罕見地召開辯論庭，讓檢辯就法律適用爭議進行論辯，使職司終局審判的最高法院得以透過公開審理，審酌各界意見，做出適法裁判。
法界實務人士指出，林昭任一案，最高法院除了該確認「授權公務員」的法律定義外，也應就具體的個案，就 「公款公用」、「公款私用」的犯罪類型，定出量刑的標準，讓下級審法院可以有所依循，避免判決歧異、各吹各的調。
法界人士表示，不論教授是否被認定是公務員，挪用公款部分，如果是為了學術研究，當可依情狀減輕其刑；但如果是將補助經費，供教授個人享樂，購置與教學無關的高檔私人物品，就該從重究責。
立委尤美女指出，會產生這樣的問題，就是因為政府的制度出現漏洞；主管單位在撥發補助款前，沒有盡把關的責任，對研究款項的核銷流程，也沒有清楚的法令規定，然後再把教授把賊一樣，抓起來審問，是本末倒置的做法。
尤美女表示，教授挪用公款，應依不同的個案，做出不同的處置。如果因補助款核銷問題，礙於現有制度的僵化，將公款公用，有情可憫恕的情況，就不能以嚴刑加以非難；反之，如果是公款私用，就應予以究責重懲，以昭炯戒。