原本隸屬交通部的中央氣象局，在行政院版被改編到環境資源部，但因有立委提案要求把氣象局併到科技部，經立法院法制委員會討論後，決議交付朝野協商決定「花落誰家」。氣象局長辛在勤強調，氣象局目前應該算是「妾身未明」，而不是部分媒體形容的「孤兒」。
行政院組織改造計畫將農委會升格為農業部，原隸屬於農委會的林務局、水土保持局、林業試驗所，在行政院版本將移至環境資源部，鄭天財提案讓林務局、林試所留在農業部，落實「農林魚牧」本一家的概念。
前林試所所長、國際珍古德教育及保育協會理事長金恒鑣昨指出，農業部以「農業經營」思維運作，林業卻更宜隸屬在負責生態保育的機構，「森林是保國命脈，不是搖錢樹！」台灣約有四十萬公頃人工林，對生態與環境的貢獻，更勝於生產木材的經濟價值。地球公民基金會楊俊朗質疑，國際造林業者虎視耽耽台灣林產，農委會今年又推行短期經濟造林補助，不但不利水土保持，更可能重演大規模伐林歷史。
林務局造林組組長楊駿憲表示，「活化休耕地」補助種植短期經濟林政策昨天上路，契作短期經濟林每年可獲九萬元補貼，可以提高國內木材自給率，促進菇蕈類及紙漿產業發展，「環保團體可能誤會了，因平地造林無害環境，更有蓄水、減少碳足跡等功能。」