經建會則強調，交通部去年八月提報航空城捷運線計畫預算，中央與地方出資金額，經建會在先期審查過程，都是依據行政程序報核，該案從過去到現在，桃園縣自籌部分一直是七十三億元，不是桃園縣說的八億，「吳縣長所提，中間可能有誤會，經建會會進一步理解地方需求」
機場捷運工程後端由現行Ａ21站延伸至中壢火車站後，確定將增設Ａ22、Ａ23站，總工程款高達一百卅八億元。三年前報請中央政府核定後，桃園縣政府原本僅需負擔八點三三億元既成道路徵收補償費，孰料日前經建會比照一般捷運，要求桃縣府擔負七十三點四九二億元。
中央政府做法前後不一，惹惱桃園縣長吳志揚。吳志揚說，當初與經建會會議記錄「白紙黑字」，在機場捷運全線都屬於國家建設的前提下，當然是中央政府負擔全額工程款。桃園縣在財政拮据的情況下，勉力維持八點三三億元，如今高鐵局卻要地方負擔七十三點四億自償經費，明顯對桃園縣民不公平。
吳志揚說，機場捷運後端工程與一般地方政府爭取捷運不同，也沒有所謂自償率問題。如果因為經費問題造成工程延宕，是中央失信於桃園縣民、失信於馬總統，一切都與桃園縣政府無關。他強調，國家建設諸如高鐵、高速公路，都是中央政府負擔建設費用，哪裡有地方政府配合出錢道理？
由於政府公共工程預算吃緊，當時經建會特別要求桃園縣，必須提出捷運沿線土地整體開發構想，且自償性必須符合自償率門檻及補助比例等規定，經建會官員強調，該案經過經建會初審，到行政院院會通過，桃園縣自籌預算金額從來沒改過，一直是七十三億元，該計畫預算審查過程，桃園縣都有派代表參加。
由於中央政府今年度在公共工程預算編列上也很吃緊，對於目前各縣市政府競相炮打中央要求提高補助，經建會官員也很無奈。