對於判決結果，連勝文發表聲明指出，此案在偵查及審判過程中仍有許多疑點，包括林正偉的說詞與證據資料不符，對於槍枝來源也未通過測謊；另外，關於作案動機、槍擊對象、槍枝及子彈來源、有無共犯或指使者等疑點也都未釐清，他對此感到十分遺憾。
連勝文並指出，他曾在審理期間多次要求針對犯案動機及槍枝來源部分再次進行測謊，卻未獲檢方及法院支持，令他十分不解，也無法平息本案所導致的諸多爭議。尤其根據我國現行法律實務，林正偉不須服刑幾年就有可能假釋出獄，面對這種可能性，更令人惶恐與不安。連勝文認為，只有查明上述疑點，才能還原本案事實真相，弭平槍擊案對社會造成的重大負面影響。
連勝文表示，這起事件影響5都選舉，且受社會高度矚目，「相關主事者不能僅是盡稱仁義道德，將公平正義4字如護身符般掛在嘴邊，實際上卻不願解決真正的難題」，如此不但無法改變國人對此案的質疑，也無助於提升國人對政府的信任。