草案新增規定，經中央主管機關指定公告的動物傳染病，檢體檢驗與報告及確定，檢驗與報告須送中央主管機關或具實驗室能力試驗證明的機關、學術或研究機構檢驗；檢驗結果，應報直轄市、縣（市）主管機關及中央主管機關。
草案規定，檢驗結果由中央主管機關所設具實驗室能力試驗證明的機關確定。檢驗結果經確定後，中央主管機關應即公開。
為加重動物所有人、管理人或運輸業者通報疫情及處理責任，草案提高罰則，從現行新台幣3萬元以上15萬元以下罰鍰，調高為5萬元以上100萬元以下罰鍰。
導演李惠仁曾以「不能戳的秘密」紀錄片報導禽流感疫情，引發討論，這項修正被部分立法委員稱為「李惠仁」條款。
此外，行政院表示，因應中國大陸發生H7N9亞型禽流感疫情，研究結果顯示，疫情以活禽市場傳播為重要風險控管點。
草案新增中央主管機關所公告的重大人畜共通動物傳染病，由雞、鴨、鵝及火雞等家禽傳染、蔓延者，中央主管機關得禁止活禽在公告零售市場展示、陳列及販售。