行政院3日下午突然宣布二代健保延後至明年元旦實施，消息一出，各界質疑聲浪不斷，特別是針對健保財務可能出現缺口，以及在收取「資本利得補充保險費」後，民眾的保費是否真能下降？
對此，衛生署長邱文達4日上午接受飛碟電台專訪時強調，健保財務到2016年都不會出現問題；在保費方面，也將有8成民眾的保費會下降。邱文達說：『(原音)(問：延後半年除了你剛講的準備方面可以更充分之外，也有考慮到最近什麼東西都在漲的問題嗎？)對，可能陳院長(行政院長陳冲)也是考慮到大家的感受，所以他認為再把這個往後延一點。事實上我們是把費率都下降，費率現在是5.17%，二代健保會降到4.91%。』
邱文達並指出，「家戶總所得制」是理想目標，衛生署經過多任署長、花了10年時間規劃，無奈去年修法時，在執行面遇到太多爭議。他表示，目前衛生署已經著手研擬三代健保，會設法解決當初的爭議，朝家戶總所得制規劃。邱文達：『(原音)家戶總所得是一個理想，但是它有太多的問題。第一次二代健保已經規劃了10年，我們將來3代現在將來就要開始慢慢在規劃，規劃朝向很理想的家戶方向，但是要避開原來大家所擔心的缺點。』
衛生署前署長楊志良便質疑二代健保的補充保費機制無法準確預估每年可以收到多少保費，將造成健保財務的不穩定性，他認為應採取「家戶總所得制」。另外，民間監督健保聯盟也認為補充保費機制存在許多不公平。