自貿港的誘因主要是貨物進出港口可免除許多行政手續，例如免關稅、免押金，增加船舶彎靠及業者在港口投資意願，立法院在民國92年7月就通過「自由貿易港區設置條例」，現在包括基隆、台北、台中、高雄及基隆附屬港蘇澳港5個海港，再加桃園國際場1個空港，都有劃設自貿港區。
交通部說，前幾年自貿港區貨量成長不大，主要是要陸續修正許多航政相關法規，民國98年才有起色，港口未來發展除增加貨量外，還要創造港口的價值，而自貿港就是提升港口價值的核心。
高雄港因航線密集，去年還向高雄市政府購買了100多公頃的南星土地，加上現有自貿港443公頃土地，將是台灣自貿港區的重心及指標。
蕭丁訓指出，高雄自貿港區正積極推動委外加工制度，以前店後廠的概念，將自貿港的經濟腹地向外延伸到加工出口區、南部科學園區、仁武工業區、屏東工業區。
港口就像前店，加工出口區等地如後廠，利用委外加工將兩者聯結。他說，自貿港區好比火車頭，串有如車廂的加工出口、科學園區、工業區，讓貨物在自貿港區加工後，以MIT名義，用更好的價格銷往其他國家，提高貨物附加價值，強化港口競爭優勢。
交通部長毛治國最常舉例高雄自貿港鑽油平台的組裝，並認為是成功的委外加工案例；這是挪威公司與好好物流公司及中鋼機械共同合作，運用高雄港自由貿易港區的進口及區外委託加工組裝再出口，可享免稅優惠的條件，將海上鑽油平台零組件，經由海運運送到高雄港，由好好物流公司進行物流作業，並由中鋼機械組裝，再運回高雄港出口。
另原本在大陸生產原木地板的台商，回屏東投資，將以委外加工生產方式再出口；在菲律賓投資的台塑重工，將汽電共生機械運回高雄，在大武組裝再出口。
高雄自貿港區現有443公頃，向高雄市政府購買並獲行政院核定開發的南星計畫土地，有近100公頃，也將納入高雄自貿港範圍，第一期39公頃已確定要發展綠能產業，第二期約30公頃規劃做為推動倫敦金屬交易中心在高雄港設立倉儲物流的用地，做為非鐵金屬前進大陸的基地。