若是遇到突發事件想要退票，不僅處理手續有諸多限制，費用更是高的驚人，因此廉價航空也衍生出不少消費糾紛。根據民航局統計，去年1月到10月，廉價航空的消費糾紛就多達480件，比前年增加2倍之多，其中退票糾紛就高達6成。 廉價航空在遇到取消及延遲航班時，大多不會給予消費者現金退款；若消費者因個人因素想要退票，有些航空公司會收取高額手續費，部分航空還會拒絕退費。另外，更有民眾在網路訂購廉航機票時，遇到重複扣款的狀況；還有人曾碰過廉航超賣的狀況，但卻沒收到未任何補償，想打客服電話投訴，卻一直忙線中，根本打不進去。
而廉價航空在退票、改票和行李托運等，使用限制都比傳統航空更為嚴格，且只要一更改航班行程，就很可能需要繳交一筆額外費用。因此消費者在訂票之前，都必須詳細閱讀相關資訊，以免造成和業者認知不同，進而產生消費糾紛。