總統賴清德就任以來，國會改革案堪稱行政立法第一戰，民進黨訴諸大法官釋憲，憲法法庭宣判後，不但未能止紛，反而留下更多疑義。國民黨立院黨團批評，此一釋憲嚴重侵害立法院的調查與聽證權，等同削弱了國會憲政功能。黨團總召傅崐萁指責賴清德及「綠色大法官」，閹割中華民國國民的基本權利，讓台灣法治蒙羞。無獨有偶，檢調終於大動作查辦進口雞蛋案，三位前後任首長卻在2個多小時後全請回，在野立委質疑是連演都不演了。
立法院司法及法制委員會昨(28)日邀請立法院秘書長周萬來針對國會改革案釋憲結果進行專題報告。周萬來認為，憲法法庭的判決確實進一步限縮了立法權，這樣的干預讓國會監督行政權的職能受到嚴重打擊。
前民進黨立委林濁水也對大法官的宣判表達不滿，直指該判決掏空國會調查權，讓台灣的國會體制變成「民主怪胎」。林濁水指出，當年民進黨質疑國會無調查權是「缺牙老虎」，如今執政黨的立委卻對大法官的判決鼓掌叫好，反映出這些民代是否真能成為人民的喉舌，令人質疑。
大法官判決中，連增修條文「立法院於每年集會時，得聽取總統國情報告」，都遭大法官解釋成「總統沒有到立法院國情報告的憲法義務，立法院也沒有聽取國情報告的憲法義務」。還指「立法院的邀請，對總統沒有憲法上的拘束力」。讓總統有權無責，享有至高無上的權力。
國會調查權名存實亡，官員、行政文官在國會可以說謊、隱匿資料都沒關係，不僅判藐視國會罪違憲，連追究行政責任都不見，遭外界批評，自由主義學者當上大法官後，突然集體奉行保守主義，完全向執政權力傾斜。
傅崐萁抨擊，綠色大法官閹割了中華民國所有國民的權利，但會堅持民主的價值奮鬥到底，絕對不會屈服。
不只大法官擁護執政者利益，檢調辦案亦讓人有分派別顏色、拿捏輕重的疑慮。從檢調偵辦進口蛋弊案，28日約談前後任農業部長陳吉仲、陳駿季，以及時任畜產會董事長林聰賢到案，3人僅偵訊2個多小時全都無保請回，讓外界看傻了眼。
國會早前針對疫苗採購、超思蛋、南台灣綠電弊端提出多次質詢，政府部門不是以機密為由拒絕提供資料，就是迴避作答。直到監察院調查報告出爐，揭露超思蛋採購過程存在嚴重問題，檢調才稍有行動。然而，檢調是否真有意查明真相，或只是例行走過場，仍有待進一步觀察。
大法官與檢調都是法治社會的正義化身，但一連串令民眾難以信服的「選擇性正義」，將動搖台灣的法治根基。傅崐萁直言，「若大法官與檢方成為政權的護衛，台灣是否還能稱為一個民主法治國家？」反映了台灣在司法和立法權分立上逐漸失衡的危機。