根據海保署委託臺大的調查，每年5至8月，卑南溪口是臺東小燕鷗繁殖，最大的棲地，但近年來因為水覆蓋工程，及流浪犬貓的獵食，讓二級保育類的小燕鷗，數量有減少趨勢，荒野保護協會臺東分會，及臺東野鳥學會，就召開記者會，呼籲公私部門一起合作，維護卑南溪口國家濕地的自然棲地。 臺東卑南溪出海口，整個河道施做了一坵坵，像水田的水覆蓋工程，減少東北季風吹起的風飛砂，卻也使得每年5至8月，從南半球北上繁殖的，，二級保育類小燕鷗，少了沙洲可育雛，根據臺東野鳥學會的觀察，近年來卑南溪口的小燕鷗的數量，每年約減少1至2成。 臺東野鳥學會成員 施明祥：「環境的變化，會造成牠在遷徙過程中的一些，很重要的影響。」 荒野保護協會臺東分會議題組長 蘇雅婷：「因為水覆蓋工程做到河口，所以其實當牠們夏天來的時候，就是看起來就是變成，適合牠的繁殖地非常稀少。」 民進黨立委 劉櫂豪：「這部分我們可以跟它(八河局)協調，讓水覆蓋工程還是在做，但是有一部分留起來，當小燕鷗可以繁衍下一代的地方。」 不只是工程影響，卑南溪口附近常見的流浪貓狗，更是小燕鷗的殺手，花蓮縣野鳥學會就曾拍攝到，流浪狗吃掉小燕鷗鳥蛋及幼鳥，環保團體也呼籲，縣府應依照，"臺東野生動物保護自治條例"規定，將卑南溪口周圍，也列入禁止餵食區域，並嚴格裁罰。 荒野保護協會臺東分會議題組長 蘇雅婷：「(臺東)訂定野保條例，就是有明定，你不能餵食，而且它是罰責很重的，那可是這個條例呢，並沒有落實。」 臺東縣政府農業處副處長 黃奇明：「我們會整體來檢討，哪些區塊裡面，是禁止餵食流浪犬貓的部分。」 環保團體也強調，卑南溪口是國家級濕地，相關單位應善盡友善環境的責任，施作必要工程時，應保留部分棲地，讓小燕鷗等鳥類能自然繁衍。