回顧此案，2月20日上午7時，空軍清泉崗基地主官執行巡場時，在作業區車道旁發現27小包裝有不明白色粉末的夾鏈袋，呈帶狀散落分布約2公里長，送交台中憲兵隊處理，初檢為安非他命類二級毒品，憲兵隊報請台中地檢署偵辦，同時軍方也立即針對在營2300多名官兵進行驗尿。
事件爆發後，各界震驚，空軍司令部隔日發布新聞稿表示，全部證物已送憲兵刑鑑中心進行化驗，並報請台中地檢署偵辦。國防部長馮世寬要求編成專案小組調查，經查辦如有涉案違法人員，無論官階高低，一律依法偵辦。
2月22日，空軍司令部將以篩檢盤初檢呈陽性反應的26名官兵的檢體，送往三軍總醫院進行複檢。台中地檢署主任檢察官林柏宏率檢察官白惠淑、陳旻源、陳東泰進入清泉崗基地勘查。
豈料，2月23日又爆出於營區內再發現疑似毒品粉末，台中地檢署指出，陸續在營區拾獲51包疑似毒品小包裝；而官兵驗尿，初驗呈陽性反應的人數提升到20人，尿液篩檢完成進度87.1%。同時，行政院長林全下令國防部全面徹查。
2月24日，台中憲兵隊又在營區塔台後方水溝中發現1包毒品。台中地檢署表示，營區士官兵尿檢初驗呈陽性反應者增加至26人。國防部表示，檢驗呈陽性反應最高官階為少校，但都是微量顯示。總統府也對外表示，支持國防部嚴查。
2月27日，國防部長馮世寬、空軍司令沈一鳴親自前往清泉崗基地，國防部也宣布，提供個人新台幣10萬元、團體50萬元獎金作為獎勵，盼各界舉發案情。同日，台中憲兵隊持續搜查，又在營區機車棚旁水溝中發現1包疑似毒品小包裝。
台中地檢署3月1日公布三軍總醫院複檢的尿檢報告，26名士官兵有8人呈陽性反應，排除飛官，另有1人未複檢，仍有252名未接受驗尿檢查。台中地檢署檢察官傳訊相關人等，尿液複檢報告呈陽性8人均稱「服用感冒藥物」。
馮世寬於2日接受媒體訪問時，他表示仍給空軍100分，認為「100分部長應該帶出100分部隊」，表示他應該相信部屬，彼此要有信心，也說「希望全民放心，不影響軍心士氣和國家戰力」。
由於涉毒案再度重創國軍形象，空軍司令部於3日在臉書推出「跌倒、爬起，繼續走」自製影片，希望用這支以台語配音的影片，為空軍加油打氣，並表示，對於國人的聲音，會重視並且謹記在心，「我們是中華民國的空軍，我們跌倒、爬起，繼續走。」
案發後2週，空軍司令部終於在5日於清泉崗基召開「拾獲棄置毒品」說明記者會，由空軍427聯隊長王德揚親上火線說明，發表包括全力配合檢調進行查處、尿液篩檢進度等三點說明，並表示已向司令部自請處分。