黃重諺轉述，林碧炤向蔡英文表示，今年4月接到邀請，擔任總統府秘書長一職，深感榮幸與責任重大，有鑒於當時政權移轉之際，必須穩定國內政局，為了協助蔡英文，乃應允邀請，決定接任這個重要職務，把過去他受國家栽培所累積的經驗，貢獻給國家。
而今，林碧炤認為新政府已經運作順暢，也符合他接任這個職位的初衷，既然階段性任務已經完成，希望儘早將這個重要職位讓出來，以利蔡英文晉用下一階段所需的人才。
蔡英文對於林碧炤堅決希望辭去現職的心意表示理解，也站在老朋友的立場，尊重他希望退休專心寫作的期望，因此批准他的辭呈，並感謝林碧炤過去5個月來的辛勞與協助。