市議會臨時會3日在衝突中召開，代理議長郭信良於11點5分宣布開會，並於下午2點辦理議長補選，整個過程衝突迭起，現場叫囂、哀嚎、怒罵聲不斷，椅子、鋼杯齊飛，造成藍綠多名議員受傷，創下台南市議會空前混亂的會議紀錄。
下午2點，市議會進行史上首次記名投票補選議長，國民黨團先於議事廳舉牌抗議非法選舉後，即集體退席。現場剩下33人投票，除民進黨團26人全部投給賴美惠外，無黨聯盟郭秀珠、杜素吟、林慶鎮、趙昆原、謝財旺5人以及遭民進黨開除黨籍的莊玉珠、曾王雅雲2人也都投票支持賴美惠
整個選舉歷時1點20分順利完成，代理議長郭信良宣布賴美惠當選議長，並訂於10月5日上午11時宣誓就職。
▲史上首次記名投票 賴美惠33票當選台南議長
