行政院表示，談判辦公室的政策目標包括，一、推動多邊及雙邊經貿談判，參與區域經濟整合；二、結合政府及民間力量，推動國際經貿合作，重啟經貿外交動能；三、以談判及國際合作帶動經貿法治現代化及經濟體質調整。
行政院指出，總統蔡英文昨天主持第2次「對外經貿戰略會談」，聽取鄧振中報告後表示，談判辦公室的設置，是為因應國際經貿新情勢的需要，以漸進方式調整對外經貿談判組織，讓談判分工及人力運用更有效率，並非新設組織。
在人員組成方面，行政院表示，初期將以經濟部經貿談判代表辦公室的現有人員為基礎，另將增加負責產業及食品安全等議題的談判代表，強化談判能量。
行政院表示，總談判代表由鄧振中兼任，另設副總談判代表2至3名，由外交部次長侯清山及經濟部次長王美花兼任，另1名將由行政院長林全指派適當人員兼任。
行政院指出，同時設資深談判代表若干名，視需要由相關部會司處局長級人員兼任；經由副總談判代表，談判辦公室可與外交部、經濟部等部會就相關工作密切合作；透過資深談判代表，亦可直接與各部會聯繫合作。
行政院表示，談判辦公室成立初期的工作，除持續參與「世界貿易組織」（WTO）進行中的「服務貿易協定」（TiSA）及「環境商品協定」（EGA）兩項談判外，將以推動新南向政策及繼續做好加入「跨太平洋夥伴協定」（TPP）的準備工作為重心。
有關新南向政策方面，行政院指出，談判辦公室將配合各部會儘速盤點現有資源及完成細部工作計畫；與地方政府商議推動執行重點及方式，逐步建構中央與地方協調機制。
同時，了解新南向政策重點國家的需求及意願，針對新南向政策各目標國研擬全面的推動方案，並與目標國建立對話管道，爭取雙方儘速確定合作內容，配合相關部會據以執行。
至於參與TPP的準備工作，行政院表示，談判辦公室將與相關部會協調、持續調整與協定有落差的法規、並繼續向其他成員國表達台灣加入TPP意願等。
另外，行政院也將儘速完成研議台灣與其他國家洽簽經貿協議的監督條例，送請立法院審議，做為台灣加入TPP談判過程與相關工商團體、公民社團廣泛溝通的遵循依據，展現參與的決心。