蔡英文上任以來，對於兩岸關係採取保守態度，此舉不僅引起獨派的焦慮，也讓獨派大老辜寬敏考慮將一手創辦的「新台灣國策智庫」交給時代力量，據《上報》報導，民進黨擔心將智庫交給時代力量，會分掉原有票源，於是在一再勸說辜寬敏之下，智庫最後改捐給凱達格蘭基金會。 新台灣國策智庫在八月初時發表聲明，指出因本土政權取得執政，智庫的階段性任務達成，將停止運作。《上報》報導指出，辜寬敏認為民進黨中央與各派系都已經有智庫，所以考慮將該智庫交給時代力量。此舉引起民進黨內部憂慮，因此黨內包括陳唐山、金恆煒等獨派大老出面勸說辜，請他把智庫留在民進黨內，最後才決定將智庫與前總統陳水扁創辦的凱達格蘭基金會合併。 因兩岸關係與人事問題，辜寬敏也對蔡英文頻頻開砲，先是批蔡主張要「維持現狀」到哪一年，並認為新政府必須要提出具體的對中政策，最重要的是，不能承認九二共識。近日又批林全不是個理想的領導人，若不換人支持度會越來越低。 民進黨立委高志鵬認為，蔡英文執政之後，兩岸論述就比較中性，甚至較為「淺藍」，但他認為不能放棄該政黨的獨派支持者，並坦言若支持認為他們「不綠了」，將會是重大危機。