平面媒體報導，國史館將從8月1日起根據「政府資訊公開法」規定，拒絕陸港澳3地學者調閱館藏資料，引發兩岸學者譁然。
不過，吳密察今天說，國史館只是「回歸法制」、，他上任後才發現，國史館沒有依照檔案法等法規辦事。
吳密察說，國史館是依循檔案法函釋「由於大陸地區人民不符『具有中華民國國籍並在中華民國設籍的國民』或『持有中華民國護照僑居國外之國民』要件，不得申請應用我國行政機關檔案」。
不過，吳密察也說，「我們並不是完全不開放給大陸，而是希望兩方，例如國史館與中國第二歷史檔案館，機關與機關做檔案閱覽上的互惠」。
吳密察說，在南京的中國第二歷史檔案館存有民國時期（1949年以前）的檔案，「你讓我看，我讓你看，就是平等互惠」。
至於港澳的學者，他說，只要是學者、有具體研究題目，提出申請，有推薦信就可以來看檔案。
他說，一方面兼顧法制，一方面兼顧使用者需要，8月1日開始推出新制；「如果是中華民國國民身分，任何人來看檔案都歡迎，而且還主動提供相當親切的服務」。
吳密察說，國史館最知名的是蔣中正的檔案，他上任第一個月就要求館員必須在1年內把蔣中正的檔案，目錄做到以「件」為單位，而非以「冊」為單位，而且要把目錄上網，讓民眾在家裡就可以查目錄，不必到國史館才看得到目錄。
吳密察指出，8月1日開始，國史館檔案、文物、私人史料，除根據「個人資料保護法」、「國家機密保護法」、「政府資訊公開法」、「檔案法」等有適當限制之外，以「全面、無償」公開提供閱覽原則。
他說，由於部分史料涉及機密、個人資訊保護及另有人權考量，民眾若要閱覽，應經國史館審核後，決定准駁；准駁程序所需作業時間，比照檔案管理局以15日為原則，但國史館得依實際情況（例如，申請數量）進行調整，最短當日，最長30日。
吳密察說，過去民眾複製檔案史料有限制，例如，整本檔案只能複印1/2，或者一年只能複印幾百張，但這些限制將取消；而且只要民眾提出申請，並繳交複製費與郵資，國史館還可以代為複製檔案史料，民眾不必舟車勞頓。