國安局表示，就國家安全的角度而言，此事件再度凸顯維持兩岸溝通聯繫機制的重要性，以避免不必要的誤判與誤解。
立法院外交國防委員會4日下午邀國防部長馮世寬和外交部、國家安全局、行政院大陸委員會等進行「海軍金江艦誤射雄三飛彈事件暨可能肇生之區域影響評估」專案報告並備質詢。
國安局在報告中指出，大陸國務院台灣事務辦公室主任張志軍1日受訪指出，大陸再三強調要在「九二共識」基礎上維護台海和平穩定之際，發生這起事件，需要台灣方面做出說明。
報告提到，大陸部分激進媒體、網民誣稱此非偶然事件，是蓄意挑釁、有意刺激兩岸關係之舉。國安局認為，這凸顯大陸方面刻意渲染台海不安情勢，將此事件與兩岸關係及政府未接受「九二共識」相掛勾，趁機對台施加政治壓力。
報告還說，被波及的「翔利昇」號是中華民國籍漁船，遭誤擊位置在澎湖近海，且未逾越台海中線，船上菲律賓和越南籍漁工各1名受輕傷。外交部已就人道立場將處理情況通報菲、越駐台代表處，應不至對區域情勢產生影響。
國安局表示，誤射飛彈事件純屬軍方人員操作不當引起，並非對大陸的蓄意挑釁。