行政院副院長林錫耀23日在行政院會臨時動議時指出，桃園機場日前發生大淹水，追究原因是機場的經營者沒有盡到應盡的責任，他認為這是嚴重的失職，應在2、3天內趕快撤換董事長與總經理，也要徹底檢討造成這些缺失的原因。檢討期限已快到了，他指示政務委員吳宏謀繼續對機場過去有哪些積弊及管理不當提出檢討、改善；林錫耀並強調，絕不能再讓國門變成國恥。
林錫耀表示，前兩天交通部所屬的華航通過罷工，他質疑為何520後，機師與空服員先後採取這麼大的抗爭，華航過去應該有很多問題，因此行政院緊急提出華航新任董事長人選，希望能盡速協調與處理。
此外，林錫耀也指出，花蓮鐵路22日第二次出軌，鐵路局對外說肇事原因是溫度太高，但他不太相信。他認為不管是桃機或鐵路局過去都隱藏不少積弊，希望交通部除了究責、撤換人員，也要確實找出問題並解決。行政院發言人童振源轉述：『(原音)溫度再高，軌道也不會因為溫度因素出問題，導致火車出軌，在520之後這已經發生2次，不管是桃園機場或鐵路局，過去隱藏不少積弊，也有很多問題存在，希望交通部針對後續的檢討、改善，不可放鬆，除了究責或撤換人員之外，也應該把問題及導致問題的原因找出來，請交通部確實針砭缺失。』
行政院長林全則指示台鐵要先內部檢討，並請交通部評估組成獨立調查機構的可能性，務實解決相關問題。