有關媒體報導農友施用生雞糞，造成蒼蠅漫天飛舞，影響環境衛生一事，行政院農業委員會農糧署表示，生雞糞非屬肥料產品，應經醱酵腐熟製成有機質肥料（堆肥），再回歸農田。為鼓勵農友施用政府推薦之有機肥，政府每公頃補助6,000元至9,000元，本（105）年推廣施用國產有機質肥料3萬公頃，需用農友可向所在地農會申請。
農糧署表示，為確保國產有機質肥料品質，已訂定「國產有機質肥料品牌推薦作業規範」，藉由定期檢驗、製造廠（場）現場製程查核及市售肥料查驗等機制，加強查驗監控，並遴選優良國產有機質肥料，該署網站登載推薦優質有機質肥料品牌計有71家業者，176個品牌。為鼓勵農友施用，每年編列預算補助農友購用，補助標準為每公斤獎勵補助施肥翻耕工資1.5元，一般慣行栽培每公頃4公噸，補助6,000元，長期作物每公頃提高為6公噸，補助9,000元。國產有機質肥料品牌推薦名單、補助原則及作業規範，公告於農糧署全球資訊網站，農民可上網參閱選用，維護自身權益。