520政權交接在即，立法院司法及法制委員會6日初審通過「總統交接條例草案」，主管機關為中央選舉委員會；總統、副總統當選人自中央選舉委員會依法公告當選之日起，得成立總統、副總統當選人辦公室，辦理就職前的準備事項，而總統、副總統當選人辦公室的辦公事務費用，由主管機關編列預算支應。
其中，針對最受爭議的總統條約締約權，由於朝野意見紛歧，最後在民進黨人數優勢下，表决通過民進黨的修正版本，總統及中央行政機關就重大政策、特別預算、締結條約或簽署台灣地區與大陸地區人民關係條例所定協議前，應先諮詢總統當選人之意見；總統當選人就重大政策、預算，得擬具書面意見送交接小組，並由交接小組協商之。若經立法院院會決議者，中央行政機關應即依其決議辦理。
雖然全案經會議主席、民進黨召委段宜康裁示不須經朝野協商，提報下次院會處理。不過，國民黨立委對於相關立法仍質疑有違憲之虞，認為相關爭議應該回歸憲法體制，因此主張院會處理「總統交接條例草案」時，將提出政黨協商。國民黨立委林為洲說：『(原音)用立法院來裁決總統當選人跟現任總統之間的爭議我覺得本身更有爭議，應該要回歸到憲政體制、憲法的規定，交給全民來判斷公決，沒有人可以凌駕憲法，只有人民。』
民進黨司委會召委段宜康則說，全案最快4月中旬可望完成立法；但若國民黨團要求交付協商，可能必須到520前後才能處理。