民主進步黨籍立法委員林淑芬表示，台灣每年從國外進口230萬噸以上黃豆，其中有9成是基改黃豆，俗稱「飼料黃豆」，但基改作物大量施灑除草劑的農作方式、貯存場所及運送過程都以飼料等級處理，以基改飼料黃豆加工製作成營養午餐，影響學童身心甚鉅。
中國國民黨籍立委盧秀燕說，當基改食品成為營養午餐主食，正值發育期的學童無可選擇暴露在風險中，是隱形食品安全危機，要求基改食品全面退出學校營養午餐及各式供應餐飲中。
初審通過條文增訂，學校供應膳食者，禁止使用含基因改造生鮮食材及其初級加工品。
現行法律規定學校應加強餐廳、廚房、員生消費合作社衛生管理，各級教育主管機關應會同農業及衛生主管機關抽查學校餐飲衛生，初審通過條文要求每學年至少抽查一次。
另外，現行條文規定，直轄市、縣（市）政府應組學校午餐輔導會，規範、輔導、考核及獎懲學校辦理午餐相關業務，組成、評選、供應及迴避原則由地方主管機關訂定。
初審通過條文新增，成員組成，現任家長應1/4以上；另中央主管機關應定期會同地方政府稽查學校午餐辦理情形並派員訪視，稽查項目、校數等執行方式，由主管機關會商地方政府訂定。