總統表示，「馬習會」有幾個重要意義，包括這是兩岸隔海分治66年來，雙方領導人第一次會面，讓全世界知道兩岸已經以和平方式解決爭端，這對全世界都是正面示範；此外，這也是有「九二共識」以來，雙方領導人第一次為「九二共識」背書，確認這是兩岸共同的關鍵政治基礎。
總統並提到他在會談中告訴習近平，「九二共識」當年的內容是指兩岸都堅持「一個中國」的原則，但可以用口頭聲明的方式各自表述。他表示，這是台灣政治人物首度在大陸領導人面前完整說明「一中各表」與「中華民國憲法」。總統：『(原音)這也是台灣政治人物在大陸領導人前面，第一次這麼完整說明一中各表、中華民國憲法，這些過去很少在這種場合出現的語言。』
總統並認為「馬習會」可說是建立兩岸領導人在對等、尊嚴情況下會面的新模式，這只是跨出第一步，未來台灣領導人都可以遵照辦理。此外，總統指出，這次他也向習近平提到大陸軍事部署與台灣國際空間等議題，他要求大陸在這些台灣關心的安全與尊嚴議題上採取善意行動。
總統也強調，這次會談並未觸及東海與南海問題。