民國103年7月23日，復興航空GE222航班下午5時43分由高雄小港機場起飛前往澎湖馬公機場，晚上7時6分，墜毀在馬公機場外西溪村，機上58人，48人死亡、10人受傷，另有地面居民5人受傷。
隔年2月4日復興航空GE235、ATR72機型班機，從台北松山機場起飛後不久，墜毀在機場10跑道末端東南東方約5.4公里處的基隆河，機上共58人，包括駕駛艙內3名機師在內，有43人罹難。
復興航空公司半年內發生兩起重大飛航事故，引發社會關注，立法院交通委員會2日將進行「針對近年飛安事故發生頻率略高之制度檢討與改善方案」報告，飛航安全調查委員會（簡稱飛安會）副主任委員會劉佩玲應邀列席備詢。
根據飛安會送到立法院的書面報告指出，兩起復興飛航事故至今年年底，我國10年渦輪螺旋槳定翼機全毀事故率，將高於國際平均的2.2次/百萬飛時。
飛安會表示，復興航空2件重大飛航事故，正積極調查中，預計今年底及105年上半年發布最終調查報告，屆時將對社會大眾說明事故發生的可能肇因，並提出相對飛安改善建議。