國務機要費弊案起緣於種村碧君旅居澳洲的堂妹李慧芬，她向時任國民黨立委邱毅爆料說自己的君悅飯店發票，被堂姐拿去給吳淑珍報繳國務機要費，因此監察院及審計部開始進行查帳，並將查帳結果轉交台灣高檢署查緝黑金行動中心，查黑中心事後依貪汙罪起訴吳淑珍，之後成立的最高檢察署特偵組，也依本案循線查出扁家四大案（南港展覽館、龍潭購地等），並於陳水扁卸任後偵辦。
種村碧君為日本籍，原名「李碧君」、「李淑雅」，是杏林新生製藥公司負責人，也是國務機要費案的關鍵人物，她曾在台灣高檢署查黑中心偵查本案期間，涉為吳淑珍作偽證，獲緩起訴。
特偵組偵結扁家四大案並起訴陳水扁及吳淑珍夫婦後，台北地方法院一審宣判並告發種村碧君等人在國務機要費案涉及貪汙，有詐領款項之嫌，後來由台北地檢署偵辦告發。
檢方偵辦期間，種村碧君供稱，確實有交付發票給吳淑珍，以為吳淑珍收集發票是要捐贈公益團體，在一家鐘錶行買兩支錶共180萬元，卻拆成多張發票是想要讓吳淑珍增加中獎機會。
北檢歷經多年偵辦，因陳水扁罹患重病，獲保外就醫，台灣高等法院裁定停止審理國務機要費案，檢方為調查種村碧君涉案部分，向高院調卷遭拒絕後，檢方依據手中資料，分析比對，認定種村碧君犯案明確。
檢方指出，當年吳淑珍與種村碧君商議，由種村碧君提供自己個人及友人的發票，供給吳淑珍用以核銷國務機要費，使吳淑珍詐領共542萬9220元。
北檢審酌種村碧君雖不具公務員身分，但她與陳水扁及吳淑珍共同涉犯貪污治罪條例的公務員利用職務機會詐取財物罪嫌，以及刑法偽造文書罪嫌，因此將種村碧君起訴。