八仙樂園塵爆事件發生後，大量燒燙傷病患湧入醫院，外界對於該如何調度醫療資源有不同看法。
行政院長毛治國2日表示，八仙樂園塵爆事件傷患人數很多，衛福部EOC第一時間調動救護車分送各地急診中心，接著統籌醫療資源，他認為衛福部EOC在這次事件中扮演後勤支援角色，有發揮一定功能。毛治國說：『(原音)所以就是在前面這段時間，大家盡全力調動救護車、分派各地急診中心，以及分派相關燒燙傷醫療能量，把傷患送到不同的、適當的醫院去，我認為像這個功能，第一時間EOC他在第二線，事實上發揮一定功能。』
毛治國表示，八仙樂園塵爆事件的傷患規模前所未見，應變過程中永遠都有可以檢討的地方，將吸取教訓，讓EOC系統更有效率。
衛福部長蔣丙煌也指出，八仙樂園塵爆事件是公共意外，為了救治大量傷患因此啟動EOC，如果是其他災害如地震、颱風，則有另外機制應變。