衛福部食品藥物管理署指出，基改食品原料超過3%（原本為5%），即視為基因改造食品原料，含基改物質的包裝食品、食品添加物自6月1日起必須如實標示，目前只允許基改黃豆、玉米上市，沒有謠傳的基改小麥、基改番茄等。
含有基改物質農產品型的黃豆粉、玉米穀粒，以及市場散裝豆腐、玉米粉、素肉等，強制標示基改食品實施日期分別為今年10月1日、明年1月1日。
至於標示「非基因改造」或「不是基因改造」的條件，食藥署解釋，當國外出現基改玉米、基改大豆、基改番茄等基改食品時，業者相對使用非基改的相同食品時，方可舉證及自願標示非基改；相反地，當國際間都沒有某種基改食物時，業者不可宣稱非基改，以免令人混淆誤解有這種基改食物。
食藥署聯合衛生機關去年對國內314件市售包裝食品進行基因改造標示符合性抽驗，經檢驗後計有288件產品標示符合規定，標示符合規定比率為91.7%。不合格部分，4件產品標示不完全符合規定，22件產品標示不符合規定（標示誤導10件、應標示而未標示5件及標示錯誤7件）。