104學年度國中教育會考的第二天以自然開始，教育部統計自然科的違規項目。
據統計，還是有學生在考試說明時間離場、提早翻閱試題本、提前作答或是結束鐘聲響時繼續作答，共有1件。另有考試正式開始後30分鐘內經糾正仍強行出場者，有2件。故意汙損答案卡(卷)、損壞試題本，或在答案卡(卷)上顯示自己身分者，有2件。以上屬較重大之違規，該科將不計等級。
數目最多的還是與行動電話有關。提早翻開試題本、提前作答或逾時作答，經制止後停止者有14件，於考試時間內攜帶非應試用品以及電子辭典、計算機、行動電話、呼叫器、鬧鐘、收音機、MP3、MP4等多媒體播放器材進入試場，隨身放置者有13件。將行動電話、呼叫器等非應試用品放置於試場前後方於考試時間內發出聲響者有15件。攜帶電子錶、時鐘、鬧鐘、電子鐘、電子辭典等內含計時功能物品，放置於試場前後方，於考試時間內發出聲響者有3件。以上將依照規則記違規2點或1點。