中科擴廠案有環保團體抗議擔心對整個環境造成危害，臺中市政府表示，這件投資案是由行政院環保署通過環評，市府的立場則是，歡迎好企業來到臺中投資，但更重要的是必須落實環境保護承諾，市府將嚴格要求把關。
臺中市府新聞局長卓冠廷表示，中科擴廠案由科技部中部科學工業園區管理局提送行政院環保署，依法審查通過，市府將嚴格要求中科落實環保承諾，並將加強各項空、水、廢、毒等環保法令要求，進行各項施工及營運期的稽查管制工作，如有違規，將從嚴取締告發。
卓局長強調，產業發展和環境保護並非對立，而應相輔相成，臺中市政府鼓勵相對較符合環保的產業進駐台中，並遵守相關規範及承諾，創造產業、就業及環境永續的多贏局面，另外對於環團質疑中科擴廠53公頃範圍內，機會大量砍筏樹木，卓局長指出，外傳數量與事實明顯不符，中科管理局應可完整說明。
而對於這件中科擴廠案，臺中市府環保局也將依據開發單位環境影響說明書，要求中科應依「植物生態評估技術規範」提出植栽保育計畫。市府已多次重申，針對植樹部分市府將督促開發單位確實履行移植、補償植栽保育計畫，以達最高存活率。
至於部分環保團體14日上午在秋紅谷抗議反中科擴廠，並指「臺中都市之肺」不適合秋紅谷。市府低碳辦公室說明，秋紅谷以下凹式公園設計做為都市滯洪池，「臺中都市之肺」是先前文宣設計的概念表述，並非新的形容詞。