動物園指出，黑腳企鵝全年都能繁殖，繁殖季高峰期在2至8月，換羽後的黑腳企鵝開始兩兩配對。2002年引進黑腳企鵝後繁殖狀況良好，族群數量漸增，企鵝館原本提供繁殖用的人工洞穴已不敷使用。
黑腳企鵝為了搶占築巢空間，經常打得傷痕累累，較強勢的還會驅趕先入住的企鵝，保育員於是自行設計活動組合屋，滿足繁殖期間黑腳企鵝的需求。
活動組合屋由3位保育員同心協力完成，一位畫設計圖，一位製造模型，另一位則是有實戰經驗，對黑腳企鵝的行為與需求瞭如指掌。黑腳企鵝配偶們住進活動組合屋後，沒多久就開始下蛋，看起來對新家都非常滿意。
動物園表示，黑腳企鵝的展示面有5個人工洞穴，中間的3號洞穴最熱門，住房率最高，也是每到繁殖期大家必爭的黃金地段。為了減少黑腳企鵝們因搶奪巢穴受傷，保育員設計出隱密性高、方便觀察、容易清理的繁殖期專用臨時組合屋，一個人就可以組裝操作。
黑腳企鵝們都很喜歡活動組合屋，目前7戶入住，加上展示面的2對，今年共有9對速配成功，其中3對已經各產下2顆蛋。
動物園說，一夫一妻制的黑腳企鵝幾乎不會更換伴侶，下一個繁殖季找到原來伴侶配對的機率很高。黑腳企鵝公母會輪流孵蛋、一起育雛，企鵝蛋的孵化期約38至42天，保育員特別提供築巢的材料，不論是海綿還是石頭，黑腳企鵝都會咬回家當布置品。
這期間保育員工作也得非常小心，除了避免影響企鵝孵蛋，更要注意路過企鵝家門口時不能靠得太近，繁殖期間的黑腳企鵝護巢行為強，若不慎被粗短有力的鳥嘴咬到，可是會皮破血流。