媒體以「仍待解密的密使檔案」為題發表評論指出，李登輝時代巧妙運用密使，並指稱張顯耀在馬團隊遭遇的處境，雖是不同時期的兩個例證，「明使」與「密使」在兩岸談判過程所扮演的角色，也沒有絕對的可比性。
對此，國安人士下午接受訪問時強調，「張顯耀不是密使」，總統府已經非常明確表示，張顯耀並未獲得馬總統的授權，所以並非密使，因此，這於李登輝時代的兩岸溝通情況，是完全不一樣的。
國安人士也說，事實上，陸委會與大陸國台辦去年建立了常態性的溝通聯繫機制，已經讓兩岸之間溝通制度化。張顯耀這次涉案情況，有一部分是屬於與業務有關事項，但張顯耀不使用已經建立的制度化管道，而是透過不具公務員身分的台商在談判前將我方的談判資料事前告知陸方，這個部分，已經逾越了授權範圍。
另一方面，國安人士說，張顯耀在未獲得機關首長授權同意的情況下，將陸委會內部應該保密的資訊告訴陸方，這些情況都不是獲得授權的談判代表所應該有的行為。
國安人士表示，這次張顯耀涉密的案件，檢方雖然認定因未到違法的地步而不起訴，但仍然有行政違失且已違反公務倫理等問題，所以張顯耀的案子與李登輝時代使用密使溝通，是兩個完全不同的情況，無法相互類比。