以下是相關大事記：
--103年8月16日，行政院宣布張顯耀因家庭因素請辭獲准，職缺由陸委會政務副主委林祖嘉接任。
--103年8月19日，陸委會表示，7月下旬接獲檢舉，指張顯耀在兩岸經貿談判時涉嫌洩密。陸委會和調查局聯繫後，認為張顯耀工作疑點，部分涉及國家安全，經過雙方協調後決定將全案移送調查局。
--103年8月22日，調查局報請台北地檢署指揮，北檢分案交由檢肅黑金專組檢察官陳舒怡偵辦張顯耀案。全案朝洩密等罪偵辦。
--103年8月25日，張顯耀主動到台北地檢署說明案情，強調自身清白。檢察官訊問後將張顯耀列「偵」字案被告，並限制住居。
--103年8月28日，台北地檢署以被告身分傳喚張顯耀說明，並搜索張顯耀住處等7處地點，並約談3名證人。
--103年9月5日，台北地檢署第3度傳喚張顯耀，訊後請回。
--103年9月11日，台北地檢署以證人身分傳喚陸委會主委王郁琦說明。
--104年2月10日，台北地檢署將全案偵查終結，將張顯耀不起訴處分。