民航局說，兩岸雖然曾就此溝通，但尚未達成共識前，大陸方面卻透過國際民航組織（ICAO）運作貿然劃設，台灣對此無法接受。
華航淡淡的表示，華航一切配合民航局政策。至於對飛航安全、飛行空域高低、飛行時間增減等問題低調不願多說。長榮對M503航路只回答「沒影響」3個字。
民航局擔憂，大陸劃設的新航路距海峽中線最近7.8公里，很可能影響台灣往返金門、馬祖的航路。
復興航空表示，現行飛航金門航路都是完全遵守主管機關管制來執行，後續若主管單位告知有任何變動調整，復航一定配合遵守執行，以確保飛航安全。
民航局表示，事實上，大陸目前所有的民航航線都在內陸，但大陸東南沿海由上海─福州─廈門─深圳、珠海、廣州、香港的航線，過於壅塞，為分散「機流」，於是在海峽中線西側（大陸側）劃設南北向的M503航路，並設有東西向的連接航路3條（如高速公路開設3交流道）。