高鐵財務改善方案未通過，交通部長葉匡時請辭，交通部也說，對於外界忽視政府是透過全民認股及政府主導兩項基本原則加以推動財改案，交通部深感遺憾。
交通部指出，本會期已就高鐵財務問題與解決方案向交通委員會提出4次報告，另並於2次預算審查相關會議就委員質詢答覆說明，交通委員會也召開公聽會聽取專家學者意見，交通部對於委員及各界關切問題，均已詳實報告說明，但終未能獲得部分委員同意與支持，高鐵財務改善方案已無繼續推動執行空間。
交通部指出，高鐵財務問題，主因源於高鐵公司資本結構不健全，當特別股轉為負債後，自有資金比率將剩下不到2%。事實上自95年起原始發起人即未符合合約規定25%之要求，財務結構長期不健全，致瀕臨破產。
交通部強調，高鐵財務改善方案透過減資降低原始股東持股比例、增資及全民認股增加公股泛公股及全民所持股份，換言之，財務改善方案乃將高鐵公司由原始五大股東掌控公司轉換為全民所擁有高鐵公司，以擺脫BOT框架，並以「圖利全民」為基本精神。
對於外界盛傳高鐵財務改善案有近8,000億元利益說法，交通部則駁斥混淆視聽，並非正確。按財務模組分析結果，扣除營業成本費用、系統設備更新、還銀行貸款與利息、給政府的回饋金與所得稅等，平均每年每股盈餘約0.66元(EPS)，尚屬合理範圍。
交通部強調，將不再介入高鐵財務問題之處理，未來高鐵公司主要股東應就其財務問題自行負起解決責任。交通部並呼籲高鐵公司主要股東，未來無論面臨任何財務危機甚或破產，在政府依合約機制完成後續處理之前，均應秉持企業社會責任，以民眾乘車權益為優先考量，致力維持高鐵正常營運。
為確保高鐵營運不中斷，當高鐵公司破產或興建營運合約因高鐵公司違約終止時，交通部將依法採取強制接管營運作為，並備妥各項應變計畫，以為因應。交通部同時期盼立法院能夠儘速完成接管營運所涉獎參條例之修法配套，以利接管作業順利執行。