東沙島早在民國初年即設有氣象觀測台及簡易燈塔，但島上設施在歷經二次大戰及多次颱風侵襲後毀損。
5年前遭政院駁回
高層官員說，馬政府上任後，政府內部就曾針對南海主權及重新設立東沙島燈塔一事進行評估，希望恢復設立東沙島燈塔，以利東沙海域的航行安全、觀光及強化主權，這項計畫並送交「行政院海洋事務推動小組」討論。
官員透露，海洋事務推動小組的「海域安全分組」曾在二○○九年的三月，針對「東沙島新建燈塔之評估與檢討案」進行討論，但會中認為，目前船隻均有衛星定位及電子導航系統，新建燈塔對引導船舶航行安全，不具有必要性及重要性；東沙島已設有機場、發電廠等設施，並由海巡人員駐守，周邊各國也無主張擁有東沙島主權，我國主權應無異議，設置燈塔宣示主權的實質效益不大，且不具有急迫性。
官員表示，會中做出結論指出，東沙島環境生態有其特殊性及脆弱性，辦理環境影響評估作業所費不貲，而且是難以預期，加以燈塔建造及維護管理經費龐大等因素考量，決定暫緩辦理。