國民黨主席馬英九將在3日中常會中辭去黨主席一職，雖然副主席吳敦義、郝龍斌已相繼請辭，但馬英九並未批准。馬英九在2日的中山會報中表示，希望吳敦義、郝龍斌等人在過渡期間都可以勉為其難地繼續留任，為黨努力。馬英九並要求組發會找出敗選原因，並深切檢討、改革。
馬英九將在3日的中常會中正式請辭並發表談話，隨後就離開，之後由副主席曾永權暫代主持會議、推舉代理主席，原則上將依照目前副主席的順位遞補，依序為吳敦義、曾永權、洪秀柱、黃敏惠、朱立倫、胡志強、郝龍斌，不過，最後仍要視個人意願而定。
會中推舉出的代理主席主要負責黨主席補選工作，10日的中常會將通過補選草案與公告，預計在明年1月底前完成補選。
雖然國民黨去年才修改黨章，明訂總統為當然黨主席，但因黨章內容不同於一般人事制度都會明訂「任免」，而是只涉及「任」、未提及「免」，對於黨主席主動請辭未明文規定不可，因此馬英九辭黨主席不須修改黨章。
明年1月補選出的黨主席將做到2017年馬英九原本的任期屆滿；不過，若國民黨在2016年贏得總統大選，根據黨章規定，將由新任總統擔任黨主席。