此次修法最受外界矚目的，是針對黑心廠商的刑罰。經過9次朝野協商之後終於達共識，大幅提高刑度與罰金，並保留「法人罰金」。
三讀修正通過條文明定，行政罰方面，不肖業者添加有毒、有害人體物質、攙偽或假冒、使用未經許可添加物、食品器具、容器或包裝有毒者，從現行處6萬元以上5000萬元以下罰鍰，改為6萬元以上2億元以下罰鍰，且增訂條文沒入或追繳業者不法所得財產或其他利益，主管機關有相當理由認為處分人移轉財物給第三人者，得沒入或追繳第三人利益。
刑責部分，三讀修正通過條文將食品添加有毒物質、攙偽、未許可添加物、有毒食品容器等犯罪行為人，從現行處5年以下有期徒刑、拘役或科或併科800萬以下罰金改為7年以下有期徒刑，得併科8000萬以下罰金，情節輕微者，處5年以下有期徒刑、拘役或科或併科800萬元以下罰金。
情節重大足以危害人體健康之虞者，處7年以下有期徒刑，得併科8000萬元以下罰金；若致危害人體健康者，處1年以上7年以下有期徒刑，得併科1億元以下罰金；若致人於死，處無期徒刑或7年以上有期徒刑，得併科2億元以下罰金；致重傷者，處3年以上10年以下有期徒刑，得併科1億5000萬元以下罰金。
法人罰金刑部分，明定法人的代表人、法人或自然人的代理人、受僱人或其他從業人員，因執行業務涉攙偽、假冒等罪，除處罰行為人，對法人或自然人科以各項10倍以下罰金，意即若致人於死者，最高可處20億元罰金。
其他的修法重點還包括：
(1)從事食品或食品添加物食品廠應單獨設立，不得在同一廠址及廠房同時製造、加工、調配非食品。不過，經中央主管機關查核符合藥物優良製造準則藥廠兼製食品者不在此限。
此外，在新法實行前未分廠分照食品廠，中央主管機關須在新法施行6個月內公告，並應於公告1年內完成辦理。
(2) 應設實驗室自主檢驗：增訂上市、上櫃及經中央主管機關公告類別及規模食品業者，應設實驗室自主檢驗。
業者如果違規未訂食安監測計畫、未設實驗室或未建立追蹤追溯系統，經命限期改正，屆期不改正者，處新台幣3萬元以上300萬元以下罰鍰；情節重大者，並得要求歇業、停業一定期間、廢止公司、商業、工廠全部或部分登記事項，或食品業者登錄；經廢止登錄者，1年內不得再申請重新登錄。
(3)分階段公告食品業者使用電子發票：中央主管機關為管理食安及品質，確保食品追溯或追蹤系統資料正確性，應依溯源必要性，分階段公告使用電子發票。院會通過附帶決議，要求衛福部食藥署於民國104年10月底前分階段完成公告使用電子發票業者。
如果業者申報、登錄作業不實，開立電子發票不實以致影響追蹤追溯，三讀修正通過條文明定，可處新台幣3萬元以上300萬元以下罰鍰；未開立電子發票，經命限期改正，屆期不改正者，也處3萬元以上300萬元以下罰鍰。
(4)食品廠須分廠分照：從事食品或食品添加物食品廠應單獨設立，不得在同一廠址及廠房同時製造、加工、調配非食品。不過，經中央主管機關查核符合藥物優良製造準則藥廠兼製食品者不在此限。
此外，在新法實行前未分廠分照食品廠，中央主管機關須在新法施行6個月內公告，並應於公告1年內完成辦理。