台南市立醫院小兒科陳旻吟醫師提醒，牛奶蛋白過敏常發生在一歲以內的嬰幼兒，症狀非常多樣化，但以腸胃道表現最常見，最常見是在嬰幼兒大便中發現鮮血絲。另外，也可能發生反覆性嘔吐、腹脹或腹瀉，甚至脫水等情形，也可能導致長期腸胃道發炎，而引起慢性缺鐵性貧血和白蛋白低下症。有些則有皮膚方面症狀，可能會產生過敏性鼻炎或喘鳴等情形；極少數可能會發較嚴重的全身性過敏休克反應。
陳旻吟醫師表示，一般診斷牛奶蛋白過敏症通常是排除性的，除詳細病史、餵食狀況以及身體理學檢查之外，要先排除其他血便的病因，再安排抽血檢查、腹部超音波及X光和糞便檢查；針對牛奶蛋白過敏症，特定檢驗血清牛奶蛋白特異IgE抗體或嗜酸性白血球是否有升高。目前國際上標準診斷方法是挑戰測試：移除配方奶後，觀察症狀是否減緩或消失，再度給予一般配方奶，觀察同樣症狀是否又發生。
陳旻吟醫師也說，新生兒及嬰幼兒時期，腸胃道防禦功能及免疫系統尚未發育成熟，造成牛奶蛋白質未經完全分解就穿過腸胃道屏障直接進到體內，誘發免疫系統活化而產生發炎反應，導致牛奶蛋白過敏症。但值得一提的，喝母奶的寶寶也可能因為媽媽攝取牛奶蛋白的成分，經由母奶餵食造成寶寶發生牛奶蛋白過敏症。一歲內對牛奶蛋白過敏的嬰幼兒，大約有50%會自動緩解，建議應以母奶或高度水解奶粉餵食6個月或寶寶9至12個月大時，以副食品逐漸作銜接。