吉園圃標章自1993年開始推動，輔導農民申請審查簽約使用，強調農民要「合理病蟲害防治」、「使用推薦藥劑」以及「遵守安全採收期」。不過，農委會宣布已沿用20年的吉園圃標章將採階段式退場，2019年6月之後不再使用。
吉園圃標章退場被部分農民團體批評太過草率。農委會主委陳保基23日在立法院經委會受訪時表示，吉園圃退場是經過長期評估規劃，不是只因為近期傳出仿冒事件才倉促退場，農委會主要是希望吉園圃能夠轉型為QR Code的追溯系統，讓生產者負起更大的責任，給民眾更高標準的農產品食用安全。陳保基說：『(原音)當初是為了鼓勵大家有合理的用藥才推動這個(吉園圃)，其實是最低的標準，最低的標準發一個標章。我想有階段性的任務，我們不是退場，我們是食品安全最低的機制我們還是保持，我們希望能夠轉型為QR code的追溯系統，讓生產者更能夠負起責任。』
陳保基也表示，吉園圃標章代表蔬果合格用藥只是60分的最低標準，轉型為QR Code產地履歷制度後，將可以追蹤到生產者，提供消費者70分的安心。