市議員張豐藤在市政總質詢提出學校食材不使用基因改造包括黃豆等食材，以確保食用者的健康。
基因改造食品是利用現代分子生物技術，將某些生物的基因轉移到其他物種中，改造生物的遺傳物質，使營養品質符合需要；但是從一連串的基因中分離，也會將遺傳物質轉殖入活細胞或生物體。
張豐藤說，常常食用豆類製品的族群包括兒童與素食者，他主張陳菊應該保護食用者免於受基改品影響健康和人體基因等，禁止基改食品不進入校園。
陳菊允諾反對基改食品進入校園，也願意簽署聲明，不過她說，擔心的是有誰去驗證非基改食品。她支持學校食材用最自然的產品。
陳菊盼農委會鼓勵更多的農民種植屬於自己品種的黃豆，同時把關源頭，也促高雄市農業局也加強把關。